Ban đầu, các lãnh đạo phe Đồng Minh rất lo lắng rằng người Đức có thể sẽ sử dụng Crete làm bàn đạp cho những chiến dịch xa hơn nữa tại khu vực Đông Địa Trung Hải, như một đòn tấn công không vận vào đảo Síp hay một cuộc đổ bộ đường biển lên Ai Cập để hỗ trợ cho các lực lượng Đức/Ý đang chiến đấu tại Libya. Tuy nhiên, những e ngại này đã nhanh chóng bị dập tắt khi chiến dịch Barbarossa tấn công Liên Xô của Đức bùng nổ, cho thấy rằng việc đánh chiếm Crete chỉ như một biện pháp phòng thủ với mục đích bảo vệ sườn phía nam của phe Trục.

Hitler và bộ tư lệnh Đức Quốc xã chiến đấu tại Crete đã rất sửng sốt trước những thương vong quá lớn của lực lượng lính dù làm nhiệm vụ đánh chiếm hòn đảo, và kết quả là người Đức buộc phải xem xét lại học thuyết không vận của mình.[72] Trước những tổn thất nặng nề, Hitler đã cho hủy bỏ toàn bộ các hoạt động không vận trong tương lai ra khỏi Chiến dịch Barbarossa và tại mặt trận Xô-Đức, qua đó loại trừ việc sử dụng thứ vũ khí này trên quy mô lớn để chống lại các lực lượng không vận Liên Xô. Phe Đồng Minh đã không được biết về tỷ lệ thương vong của Đức, nên sau trận chiến này họ đã đua nhau xây dựng các sư đoàn không vận lớn của riêng mình. Tuy nhiên, điều quan trọng là từ kinh nghiệm của người Đức, những người lên kế hoạch của Đồng Minh như đại tá James M. Gavin đã nhận ra rằng lính dù nên được thả xuống cùng với vũ khí hạng nặng mang theo người. Chính việc thiếu đi những trang bị này đã góp phần quan trọng gây nên tổn thất của Đức trong cuộc chiến này. Sau này, điều đó đã giúp cho lực lượng của Trung đoàn Bộ binh 505 Hoa Kỳ ngăn không cho Sư đoàn Thiết giáp Hermann Göring tinh nhuệ tiến hành phản công vào các đầu cầu của Hoa Kỳ tại Gela trong cuộc tấn công đảo Sicilia của Đồng Minh.

Trận chiến tại Crete không gây ảnh hưởng gì đến thời hạn của Chiến dịch Barbarossa.[73] Ngày bắt đầu Barbarossa (22 tháng 6 năm 1941) đã được ấn định nhiều tuần lễ trước khi chiến dịch đánh chiếm Crete được xem xét đến và chỉ thị của Hitler về Chiến dịch Merkur đã nói rõ rằng công tác chuẩn bị cho Merkur không được làm ảnh hưởng đến Barbarossa.[14] Các đơn vị được chỉ định cho chiến dịch Merkur mà sau đó cũng được giành để sử dụng trong chiến dịch Barbarossa đã phải tái triển khai tại Ba Lan và Romania ngay từ cuối tháng 5, và trong quá trình trận chiến, việc hành quân của các đơn vị Đức từ Hy Lạp cũng không bị Merkur làm chậm trễ. Thực tế, chính việc Quân đoàn Không quân số 8 Đức (VIII. Fliegerkorps) bị chuyển đi trong thời gian diễn ra trận Crete để đến kịp các vị trí được chỉ định nhằm phục vụ cho Barbarossa là một nguyên nhân chủ yếu giúp cho Hải quân hoàng gia Anh có thể sơ tán được nhiều quân lính như vậy. Các nguyên nhân gây nên sự trì hoãn Chiến dịch Barbarossa không liên quan gì đến trận Crete, mà là do cần phải đợi các con sông đang ngập lụt tại Ba Lan cạn bớt lũ và đợi cho các sân bay khô ráo để có thể sử dụng.[74]

Vào thời gian đó, cuộc chiến cuối cùng của thiết giáp hạm Bismarck đã làm phân tán dư luận công chúng Anh;[75] nhưng việc để mất Crete, nhất là khi nguyên nhân thất bại của các lực lượng trên bộ của Anh nằm ở chỗ không nhận ra được tầm quan trọng chiến lược của các sân bay, đã trở thành một lời kêu gọi thức tỉnh chính phủ Anh.[76] Hệ quả trực tiếp của nó là Không quân Hoàng gia Anh (RAF) được giao thêm trách nhiệm bảo vệ các căn cứ của mình trước những đòn tấn công trên bộ và trên không. Trung đoàn RAF đã được thành lập ngày 1 tháng 2 năm 1942 để đáp ứng yêu cầu này.[77]